شاید بتوان گفت مهم­ترین چالش در پایش فرآیندها، جمع‌آوری و تحلیل داده‌های مرتبط است. این داده‌ها باید دقیق و قابل اعتماد باشند تا بتوانند تصویری صحیح از عملکرد فرآیندها ارائه دهند. یکی از بهترین راهکارهایی که برای غلبه بر این چالش پیشنهاد می گردد این است که سازمان از یک بستر نرم افزاری BPMS برای مکانیزاسیون فرایندهای خود استفاده نماید. در این صورت است که همواره مخزنی از داده ها و اطلاعات مربوط به فرایندها به بهترین و دقیق­ترین شکل ممکن جمع آوری شده و همواره برای تحلیل و پایش در دسترس خواهد بود. چالش دیگر برای پایش و کنترل فرایندها مقاومت در برابر تغییر و هزینه‌های مرتبط با پیاده‌سازی سیستم‌های پایش و کنترل است که می تواند مشکلاتی برای سازمان‌ها ایجاد کنند. چالش دیگری که هنگام استفاده از شاخص­های فرایندی بوجود می آید این است که متأسفانه اکثر سازمانها کورکورانه، KPI های رایج و شناخته شده صنعت‌ خود را ملاک عملکردشان قرار می‌‌دهند؛ بدون اینکه از خودشان بپرسند که واقعاً به دنبال چه چیزی هستند و هدف نهایی‌شان چیست؟ سازمان‌ها بایستی تلاش کنند از بین شاخص های عملکردی مختلفی که وجود دارد موارد کلیدی را احصاء کرده و به عنوان شاخص کلیدی عملکرد اندازه گیری نمایند. به جرأت می توان گفت تعداد سازمان هایی که شاخص های کلیدی عملکرد خود را به درستی شناخته و آنها را رصد کرده و تحت نظارت خود قرار داده اند بسیار محدود است. علت اصلی این پدیده این است که تعداد محدودی از سازمانها، مدیران، محققان و حتی مشاوران به بررسی دقیق ماهیت شاخص های کلیدی عملکرد پرداخته و به اهمیت جایگاه آن در مدیریت عملکرد سازمان پی برده اند. اکثر مدیران روش ارزیابی عملکرد را بلد نیستند. مثلاً از معیارهایی استفاده می کنند که هیچ ارتباطی با عوامل ایجاد موفقیت ندارند و یا شاخص هایی را انتخاب می کنند که چندان روشنگر نیست و واقعا کمکی نمی کند و به جای ارزیابی هفتگی، روزانه یا حتی لحظه ای عملکرد، به ارزیابی 3 ماهه اکتفا می کنند. بیش از نیمی از شاخص های کلیدی عملکرد رایج در سازمانها باعث بروز رفتارهای بی نتیجه می شود و کمکی به بهبود عملکرد نمی­کند. برای غلبه بر این چالش‌ها، سازمان‌ها می‌توانند از راهکارهایی مانند آموزش کارکنان، ایجاد فرهنگ سازمانی مناسب و استفاده از تکنولوژی‌های نوین بهره‌مند شوند.